Əhli-Beyt(ə) məktəbinin Azərbaycana Şah İsmayılın dövründə gəlməsini iddia edənlər var. Ancaq bir çox tarixi mənbələr və Azərbaycanda qorunub saxlanılmış tarixi abidələr bunun tam əksini sübut edir.

Azərbaycan xalqı daim Peyğəmbər(s) Əhli-Beytinə(ə) məhəbbət bəsləyirdi. Elə bu səbəbdən Əməvilərin zamanında xilafət sistemi imperiya sistemi ilə əvəz olunduqdan sonra Azərbaycan müxtəlif qiyamların mərkəzi olmuşdu. Bir çoxu bu qiyamları İslam əleyhinə olduqlarını yazsa da məsələ şübhəli olaraq qalır. Çünki, əsasən İslam tarixi xəlifələrin saray salnaməçiləri tərəfindən yazılmış və onlar xəlifənin zülmünə qarşı bütün qiyamları İslam əleyhinə üsyan kimi qələmə verirdilər. Həmçinin xəlifə üsyankarların üstünə qoşun göndərəndə buna ideoloji əsas vermək üçün saray müftiləri üsyankarların kafir olduğu barədə fətvalar verirdi. Bu baxımdan saray alimlərinin düzgünlüyü şübhə altındadır. Belə qiyamlardan biri də Babəkin Xürrəmilər qiyamı olubdur ki, tarix qətiyyətlə onların İslama qarşı çıxdıqlarını deyə bilmir. Hətta bəzi tarixçilər xürrəmilərin Əhli-Beyt(ə) tərəfdarları olduqlarını və İmam Rza(ə) ilə görüşdüklərini yazıblar.

Əməvilər dövründə xilafətdə nəinki idarə üsulu hətta siyasətin üsulu da dəyişmişdi. Fəth olunmuş ərazilərdə açıqcasına ərəbləşmə siyasəti aparılırdı. Azərbaycan da bu siyasətdən kənarda qalmadı. Əsasən şiələrin yaşadığı İraq vilayətlərindən Azərbaycana ərəb ailələri köçürülürdü. Xilafət artıq Sasani imperiyasını xatırladırdı. Bu isə əhalinin arasında Əhli-Beyt(ə) məktəbinin tanınması və xilafətin səltənət və imperiya siyasətinə qarşı etirazlarına səbəb olurdu.

Eyni surətdə də Azərbaycan xalqı Əhli-Beyt(ə) tərəfindən sevilirdi. Hədis alimlərinin yazdığına görə, İmam Sadiq(ə) buyurmuşdu: “Azərbaycan bizə lazımdır.” Azərbaycan imamət tarixində daim ön cəbhədə olub. Siffeyn döyüşündə Azərbaycan valisi qoşunla birgə Həzrət Əli(ə) ilə birgə Muaviyəyə qarşı vuruşmuşdur. Maraqlıdır ki, imamətin ən ağır illəri sayılan dövrdə İmam Hadi(ə) və İmam Həsən Əskərinin(ə) Azərbaycan şəhərlərində nümayəndələri var idi. Hədislərdə zikr olunmaqla yanaşı, ağır və şətin durumda Əhli-Beyt(ə) Azərbaycana üz tutardı. Azərbaycanımızın ən mötəbər ziyarətgahı olan Bibi-Heybətin tarixi də buna sübutdur. İmam Rza(ə) və onun ailəsi Abbasi xəlifələrinin təqiblərinə məruz qalanda İmamın(ə) bir çox ailə üzvləri Azərbaycanın müxtəlif şəhərlərində sığınacaq tapmışdılar. Digər imamların övladları da Azərbaycana üz tutmuşdular. Hazırda Gəncə və Bərdədə yerləşən imamzadə ziyarətgahları həmin müqəddəs ailə üzvlərinin dəfn olunduğu yerlərdir. Elə bu səbəbdən də Azərbaycanda çoxlu sayda seyyid yəni Peyğəmbər(s) nəslinin nümayəndələri var.