Xəlifələr İslami prinsiplərdən yayındıqca dövlət süquta uğrayırdı. Abbasilərin dövründə artıq xilafət pərakəndə şəkildə səpələnmiş müstəqil ölkələrdən ibarət idi. Xilafət formal olaraq mövcud olsa da və bütün dövlət başçıları xəlifə adından idarə etsələr də, faktiki olaraq nə xilafət var idi və də xəlifənin hakimiyyəti. Xilafət daha çox konfederasiyaya bənzəyirdi.

XI əsrdə Azərbaycan daxil olmaqla xilafətin böyük hissəsi Səlcuq türk imperiyasının hakimiyyətinə keçdi. Ancaq Səlcuqlar da dövlətlərini Bağdadda oturan xəlifənin adından idarə edirdilər.

Siyasi durum qarışıq olsa da müsəlmanlar həmin dövrlərdə mədəni-elmi intibah dövrü yaşayırdılar. Elə bir şərait yaranmışdı ki, heç kəs dini və fəlsəfi baxışlarını gizlətmirdi, alimlər sərbəst debatlar aparırdı, əhali əqidə seçimində nisbətən müstəqil idi. Müasir dillə desək orta əsar xilafətində vicdan azadlığı mövcud idi. Müasir meyarlarla bu azadlıq məhdud olsa da orta əsrlər üçün bu fakt fövqəladə sayıla bilər.  Eyni zamanda dəqiq və təbiət elmləri də inkişaf edirdi. Azərbaycan da böyük İslam mədəniyyətinin inkişafına öz böyük töhfəsini verib. İstər ədəbiyyat istər fəlsəfə istərsə də texniki elmlərdə Azərbaycan alimləri böyük şöhrət sahibləri olublar. Təbrizi, Naxçıvani, Qarabaği, Şirvani soyları İslam alimlərinin siyahısında ən çox rast gəlinən adlardan idi. Azərbaycan İslam mədəniyyətinin ayrılmaz hissəsinə çevirilmişdi. Şamaxı, Gəncə, Naxçıvan, Təbriz, Marağa, Xoy kimi şəhərlər müsəlman elmi-mədəni mərkəzləri sayılırdılar.

Elmin belə inkişaf etdiyi mühitdə xilafətin elmi-mədəni mərkəzlərindən biri olan Azərbaycanda Əhli-Beyt(ə) məktəbinin ardıcılları da çoxalırdı. Bu həm hakimlərin qeyri-rəsmi olaraq şiəliyi qəbul etmələri ilə həm də şiələrin arasında dövrün ən nüfuzlu alimlərin çıxması ilə əlaqədar idi. İmam Sadiqin(ə) yolunu davam edən şiə alimləri müxtəlif elmi sahələrdə öndə idilər. Həmyerlilərimiz olan Bəhmənyar, Biruni və Hacə Nəsirəddin Tusi də bu cür alimlərdən olublar.

Səlcuqların süqutundan sonra ikinci böyük yürüş monqollar tərəfindən həyata keçirildi. Monqolların hücumundan çəkilən ziyan müsəlman aləmi üçün heç bir işğalçının ziyanı ilə müqayisə oluna bilməz. Azərbaycan daxil olmaqla bir çox mədəni abidələr dağıdıldı, elm ocaqlarına zərər yetirilirdi, iqtisadiyyat çökürdüldü. Demək olar ki, monqolların yürüşü ilə İslam aləminin intibahı sona çatdı və elmi-mədəni inkişaf tədricən tənəzzüllə əvəz olundu.

Hlakilər zamanı(XIII-XIV əsrlər) vəziyyət nisbətən dəyişir. Monqol hakimləri büdpərəstliyi hakim olduqları ərazilərdə yaymağa çalışırdılar. Ancaq İslam alimləri bu tendensiyaya qarşı qətiyyətlə çıxış etməyə başladılar və müsəlmanların məcburi olaraq monqolların dininə keçməsinin qarşısını alırdılar.  Xulaku xanın dövründə Bağdad işğal olundu və xəlifə Misirə qovuldu. Bu işğal müsəlmanların və xüsusən alimlərin qətliamı ilə müşahidə olunurdu.  Hülaku xanın vəziri olan Hacə Nəsirəddin Tusi bu qətliamların qarşısını almağa çalışırdı. Zalımın vəziri vəzifəsində çalışmaqla Hacə Nəsirəddin onun törətdiyi cinayətlərin heç olmasa da bir hissəsinin qarşısını almağa çalışırdı. Məhz Xacənin səyləri nəticəsində İraq və Suriyadan bir çox alimlər Azərbaycana gətizdirilir və burada qorunurdular.

 Hülaku xanın nəvəsi artıq bu siyasətə son qoydu və İslamı qəbul etdi. Fəlsəfə və ilahiyyatla maraqlanan şah daha sonra şiəliyi də qəbul etdi. Bu iki hadisə - Tusinin vəzir olması və Qazan xanın şiəliyi qəbul etməsi - Azərbaycan ərazisində şiə yönlü sufiliyin və cəfəriliyin yayılmasına böyük təkan verdi. Ancaq tarixçilər həmin dövrdə əhalinin çox hissəsinin hənbəli və şafei məzhəbində olduğunu yazırlar. Bəzi tarixi mənbələrdən isə bəlli olur ki, camaatın dini mənsubiyyəti məsələsi çox qarışıq olub. Səyahətçilərdən biri yazır ki, Azərbaycan şəhərlərində camaat dildə hənbəli və ya şafei olduqlarını desələr də, onların fikirləri “rafizi” (şiə) meyllidir.

Daha sonralar Yaxın və Orta Şərqdə gedən proseslər təbii ki, Azərbaycanda da öz təsirini göstərdi. Səlcuqların daha sonra Teymurləngin Azərbaycan ərazilərinə gəlişilə əhali türklərin dilini və mədəniyyətini mənimsəməyə başladı. Orta əsrlərdə türk tayfaları arasında şiəlik geniş yayılmışdı. Daha dəqiq desək bu, şiəliyin ələvilik qolu idi ki, 12 imama etiqad bəslənsə də  bu təriqətin davamçıları heç bir şəriətə və fiqhi göstərişlərə əməl etmirdilər. Hazırda da Türkiyə, Suriya və Balkanda bu təriqətin davamçıları yaşamaqdadırlar. Türklərin, xüsusən türkmən tayfalarının nüfuzunun geniş yayılması nətisəində bölgədə iki qüdrətli dövlət yaranır - Ağqoyunlu və Qaraqoyunlu. Azərbaycan da bu iki dövlətin təsirində olub. Ağqoyunlu ilə Qaraqoyunlunun fərqlərindən biri də, Qaraqoyunlu qəbiləsinin şiə olması idi. Türk tayfalarının şiələşməsi türklərlə səx əlaqədə olan Ərdəbil hakimləri Səfəvilərin də şiələşməsinə öz təsirini göstərir. Artıq Şeyx Heydərin dövründə şiəliyi tamamilə qəbul etmiş Səfəvilərin davamçılarının sayının artması onların gələcək hakimiyyəti üçün zəminə yaradırdı.