İslam aləmi müxtəlif ölkələr parçalansa da ara-bir bəzi hakimlər bütün xilafət ərazilərini yenidən birləşdirmək istəyirdilər. Teymurləng buna nisbətən nail olsa da onun dövlətinin ömrü uzun olmadı. Lakin Osmanlı dövləti 1453-cü ildə Bizansa qələbə çalıb İstanbulu tutduqdan sonra Osmanlı İslam aləminin siyasi mərkəzinə çevirilməyə başladı.

Bu arada Ərdəbil vilayəti seyyid nəslindən olan Şeyx Səfinin ailəsinin (Səfəviləri) hakimiyyəti altına keçir. Tədricən qüvvətlənməyə başlayan Səfəvilər Ağqoyunlu hakimi Uzun Həsənlə qohum olurlar. Səfəvilərin başçısı şeyx Heydər Uzun Həsənin qızı ilə ailə qurur. Bu evlilikdən Şah İsmayıl Xətai dünyaya gəlir. Uzun Həsənin ölümü ilə Ağqoyunlu dövlətində yaranmış hərc-mərclik Səfəviləri ölkənin siyasi işlərinə müdaxilə etməyə vadar edir. Nəticədə Şah İsmayıl Xətai Ağqoyunlu dövlətinin vəhtətini qoruyub Azərbaycan, İran və Əfqanıstan ərazilərində yeni dövlət yaradır. Şah İsmayılın şiə olması heç kəsə sirr deyil, ancaq onun barəsində tarixdə bir çox yalanlar uydurulub ki, bu bir növ Azərbaycanın İslamı qəbul etməsi ilə bağlı yalanları xatırladır. Şah İsmayılın zor gücü ilə əhaliyə şiəliyi qəbul etdirməsi barədə yazılanlar Osmanlı dövlətinin uydurmalarından başqa bir şey deyildir.

Şeyx Səfiəddinin dini mənsubiyyəti barədə yayılmış fikirlərdən biri onun Şafei məzhəbindən olan sufi olduğu bildirilir. Orta əsrlərdə Anadolu, Suriya və İraq ərazisində xüsusəın türklərin arasında şiəliyin yayılması Səfəfviləri də şiə meyilli sufiliyin qəbul etməsinə səbəb oldu. Şeyx Cüneydin dövründə isə Səfəvilər artıq cəfəri şiəliyini qəbul etməyə başladılar. Bu günə kimi Balkan və Türkiyə ərazilərində yaşayan ələvilər Səfəvilərə böyük hörmət bəsləyirlər.

Orta əsrlərin hakimlərinə xas olan mənfi cəhətlərdən biri əhalidən müxtəlif vergilərin yığılması idi. Dövlət rəsmən şəriətlə idarə olunduğundan bu vergiləri din alimləri “rəsmiləşdirirdilər”. Səfəvilərin Ərdəbildəki fərqli  hökmranlığından isə Ağqoyunlu əhalisinin xəbəri vardı. Digər cəhətdən Ağqoyunlu ərazisində çoxlu sayda şiə yaşayırdı. Şah İsmayıl taxta çıxanda əhalinin şəriətdə nəzərdə tutulmamış vergilərdən azad etdiyini bəyan etdi. Bu isə xalqın üzərindən vergilərin əksəriyyətinin götürülməsi demək idi. Digər cəhətdən öncəki hakimlər şəxsi mənafelərini güdür, şəriət pərdəsi altında istədiklərini edirdilər. Əlbəttə dindar əhali bundan narazı idi. Şah İsmayıl isə mömin bir şəxs idi, həmçinin onun hakimiyyəti dövrün müstəqil din alimləri tərəfindən təsdiq olunurdu. Yeni fikirlər, yeni üsuli-idarə, yeni yanaşmalar köhnədən qalmış zülm və mövhumatlardan bezmiş insanların xoşuna gəlir. Eyni zamanda Şah İsmayıl əhalinin etiqadlarına hörmətlə yanaşır və onları dövlət dinini qəbul etməyə məcbur etmirdi. Buna bariz nümünə qeyri-şiə məntəqələrinin indiyədək İran və Azərbaycan ərazilərində mövcud olmasıdır. Bu fikri onunla da təsdiqləyə bilərik ki, Səfəvilərin hərbi qarnizon kimi əsasını qoyduğu Ağdaş şəhəri də əsasən sünnülərdən ibarətdir.

Xarici siyasətdə də Səfəvilər dini ayrıseçkiliyə yol vermirdilər.  O zamanın ən qüdrətli dövləti Osmanlı ilə Səfəvilər arasında dostluq  münasibətləri var idi. Ancaq öz atasını və qardaşını öldürdükdən sonra hakimiyyətə gələn Sultan Səlimin dövründə vəziyyət dəyişilir. Sultan Səlim Misiri fəth edərək sonuncu Abbasi xəlifəsini məcbur edir ki, xəlifə titulunu Osmanlı sultanına versin. Daha sonra saray alimlərini şiələri kafir elan etməyə məcbur edirlər ki, iki müsəlman xalqını bir birinə vuruşdurmaq üçün ideoloji zəmin yaratsınlar. Belə də olur. Şah İsmayıl və onun oğlu Şah Təhmasibdən sonrakı Səfəvi şahları atalarının qoyduğu yoldan dönür və Səfəvi dövləti sıravi orta əsr despotiyalarına çevirilir. Təxminən 100 il ərzində Səfəvilərlə Osmanlılar arasında qısa fasilələrlə qanlı müharibələr aparılır. Bu işdə Avropa ölkələrinin də böyük xidməti olur. Osmanlının Avropa fəthlərindən yayındırmaq üçün onlar iki müsəlman dövləti arasında müharibələri qızışdırırlar. Nəticədə hər iki dövlət süquta uğrayır və Avropa ölkələrindən yarımmüstəmləkə şəklində asılı vəziyyətə düşürlər.

Müharibələr nəticəsində iqtisadi tənəzzülə uğramış Səfəvilər dövlətində mərkəzi hakimiyyət zəifləyir, qiyamlar başlayır. Səfəvilərin hakimiyyəti Avşarların, Zəndilərin və nəhayət Qacarların hökmranlığı ilə əvəz olunur. Mərkəzi hökumətin zəiflədiyi bir anda ölkənin inzibati bölgüləri olan xanlıqlar yarımmüstəqil siyasət sürməyə başlayır. Düzdür bütün xanlar şahın qohumları olub (İstər Cavad xan Gəncəli, istərsə də Fətəli xan Qubalı Qacar sülaləsindən olublar), ancaq yenə də birliyi qorumaq mümkün olmadı. Cənubi Qafqaza I Pyotrun dövründən göz tikmiş Rusiya Qacarların zəifliyindən istifadə edərək ölkəyə hücum edirlər. Nəticədə 19-cu əsrin əvvəllərində Azərbaycanın Arazın şimalında yerləşən xanlıqları Rusiya imperiyasına birləşdirilir.